Nachdem sie sich mit den Dämonen aus Shuras Vergangenheit auseinandergesetzt haben, kehren Shura, Rin und Yukio zur True Cross Academy zurück. Während Yukio sich von seinen Wunden erholt, kehren Rin und seine Freunde in ihr Leben zurück. Doch während die Illuminati ihre Pläne weiter vorantreiben, braut sich Ärger zusammen. Lightning leitet eine Untersuchung der Illuminaten ein, um der Sache auf den Grund zu gehen. Mit Suguro im Schlepptau taucht er in die Archive tief unter der True Cross Academy ein, wo er möglicherweise Geheimnisse aufdeckt, die aus einem bestimmten Grund dort vergraben waren …